Az 1910-es évektől több szervezeti formában folyt zeneoktatás a mai Erzsébetváros területén. A fővárosban többnyire magán-zeneiskolák működtek, de a Kertész utcai iskola énekkara már a II. világháború előtt kimagasló eredményeket ért el. A zeneiskolák államosítása után a Fővárosi Zeneiskola Szervezet szakfelügyelői közül sokan a Kertész utcai intézményben tanítottak, így egy idő után a magas színvonalú szakmai munka vonzotta a tehetséges gyerekeket, akiknek a szülei „elit” zeneiskolát kerestek.
A háborút követő társadalmi változások, az ideológiai paradigmaváltás alapjaiban rengette meg az addigi zenepedagógiai gyakorlatot. A zenetanulást széles társadalmi rétegek számára is hozzáférhetővé kellett tenni, és ez hatalmas kihívás volt a szakma művelői számára. Az új rendszer hivatalosan 1952 augusztusában lépett életbe: Budapest területén felállt nyolc körzeti zeneiskola, amelyeket azután a Fővárosi Zeneiskola Szervezet irányított. A körzeti zeneiskolák a körzethez tartozó egyéb iskolák épületeiben „zenetanfolyam” néven működtek. A Kertész utcai iskola zenetanfolyama a Czövek Erna vezette I. sz. Körzeti Zeneiskolához tartozott. A Kertész utcai intézmény, mivel a szakfelügyelők többsége ott tanított, akarva-akaratlanul is „elit” iskolává vált. Az 1950-es évek elejétől pedig a Zeneakadémia gyakorlóiskolája lett, az élére Fülep Tibort hegedűmetodika tanárt nevezték ki. 1968-ig a Kertész utcai iskola a Zeneakadémia Gyakorló Iskolája címet viselte.
Amikor a körzeti zeneiskolai rendszert felváltotta a kerületi, az iskola VII. kerületi Állami Zeneiskola lett, majd végül 1989-ben fölvette Molnár Antal zenetudós-esztéta nevét, aki a a 20. századi magyar zenetudomány meghatározó egyénisége volt. Az iskola azóta is híven ápolja névadója emlékét.
Mivel a kerületben nincs megfelelő helyiség komolyzenei hangversenyekre, a zeneiskola – tanárai és növendékei részvételével – templomi bérleti hangverseny-sorozatot szervezett. A koncertek helyszínei: Dohány utcai zsinagóga, Wesselényi utcai Hősök temploma, Fasori református templom, Rózsák tere görög katolikus templom, Bécsi kapu téri evangélikus templom, Szent István-bazilika.
Az egyéni oktatás keretében megszerzett tudást a növendékek zenekarokban, együttesekben kamatoztathatják. Fellépéseik és az iskola jó kapcsolatai révén a Molnár Antal Zeneiskola széles körű nemzetközi kapcsolatokat ápol (pl. Liechtenstein, Hannover, Recklinghausen és számos horvátországi zeneiskola). Partneriskolája a keszthelyi Festetics György Zeneiskola.
Az iskola növendékei közt hosszú a sora azoknak, akikből híres muzsikus lett – itt tanult többek között Kocsis Zoltán, Ránki Dezső, Presser Gábor, Batta András, Perényi Eszter, Perényi Miklós, Szenthelyi Miklós, Várjon Dénes.
A Molnár Antal Zeneiskola honlapja: http://mazene.hu/